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甲基化指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNMTs）的作用下將甲基添加在DNA分子中的堿基上，從而影響基因表達(dá)的一種常見表觀遺傳現(xiàn)象。
1、高通量——Illumina甲基化芯片
流程簡單，無需進(jìn)行煩瑣的免疫共沉淀，直接檢測到發(fā)生甲基化的準(zhǔn)確位點(diǎn)，而不像其它芯片那樣僅檢測到發(fā)生甲基化的區(qū)段。通量高，可一次性檢測12份樣品，每個(gè)樣品最多可檢測450，000個(gè)位點(diǎn)。
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2、中通量——高分辨率熔解法（HRM）檢測DNA甲基化
HRM是一種最新的遺傳學(xué)分析手段，具有很高的特異性、穩(wěn)定性和重復(fù)性。
HRM目前的熱點(diǎn)應(yīng)用集中在
- 對(duì)未知新突變的掃描、篩查疾病相關(guān)突變/SNP掃描、等位基因頻率分析；
- 動(dòng)植物、微生物等物種及品種鑒定；
- DNA指紋、DNA甲基化分析和研究；
- 器官移植的HLA配型；
- 法醫(yī)學(xué)鑒定、親子鑒定。
實(shí)驗(yàn)流程
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3、低通量——BSP
針對(duì)某一段感興趣基因上可能的甲基化位點(diǎn)，或還不確切知道其位點(diǎn)的實(shí)驗(yàn)，在電泳之后對(duì)條帶進(jìn)行克隆測序，從而得到想要的部分片段的測序結(jié)果，通過軟件分析可以知道該片段甲基化發(fā)生的確切位點(diǎn)，測序克隆也可以計(jì)算其發(fā)生甲基化的頻率。
4、技術(shù)特點(diǎn)
| Illumina | HRM | BSP |
樣品 | 新鮮組織、血液、細(xì)胞，石蠟樣本等生物材料 | ||
DNA用量 | 500ng甲基化后的DNA | 2ug未甲基化的DNA | 2ug未甲基化的DNA |
通量 | 1-12個(gè)樣品/slide；每個(gè)樣品可檢測27k和450k個(gè)位點(diǎn) | 1-96-384個(gè)樣品；每個(gè)樣品可檢測幾個(gè)位點(diǎn) | 低通量，位點(diǎn)數(shù)少，是甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。 |
數(shù)據(jù)處理 | 探針注釋、相關(guān)性分析、熱圖、與基因表達(dá)譜聯(lián)合分析以及染色體搜索 | 特異熔解曲線 | 測序報(bào)告 |
